我如何在脱机Debian机器上安装R软件包？

我有一个没有连接到互联网的Debian虚拟机。 然而，我仍然可以scp从我的本地机器上有互联网连接的任何文件。 为了提供一点点上下文，我试图在VM上托pipe一个shiny的应用程序。

我仍然可以使用“apt-get”命令安装旧版本的R 3.1.1：

sudo apt-get update sudo apt-get install r-base sudo apt-get install r-base-dev

但是，在查看清单时还是找不到“shiny”的包装：

sudo apt-cache search "^r-.*" | sort

所以，我想我是否可以scp“shiny.tar.gz”到VM并在本地安装软件包？ 我怎么能离线安装任何R包？

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我曾尝试过这样的事情：

install.packages('/home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz',repos = NULL,type = "source")

然而，它没有通过，错误信息如下：

Installing package into '/usr/local/lib/R/site-library' (as 'lib' is unspecified) Error in type == "both" : comparison (1) is possible only for atomic and list types Calls: install.packages Execution halted

然后，我尝试了另一个“R CMD”：

R CMD INSTALL /home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz

我收到错误消息，告诉我缺less依赖关系：

* installing to library '/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1' ERROR: dependencies 'httpuv','mime','jsonlite','xtable','digest','htmltools','R6' are not available for package 'shiny' * removing '/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/shiny'

我怎样才能从源代码安装shiny的包？ 我应该继续安装依赖项的所有依赖项和依赖项吗？

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Shiny有一些软件包的依赖关系，“R CMD INSTALL”不会为你找到它们，所以你需要手动获取它们。 根据闪亮的描述，它的依赖是：'Rcpp'，'httpuv'，'mime'，'jsonlite'，'xtable'，'digest'，'htmltools'，'R6'。 所以首先从cran文件中获取软件包（下面是最新的版本，但是它们会随着时间的推移而改变，下面的注释是针对连接到互联网的计算机，在继续之前需要将这些文件scp到离线计算机）：

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.12.4.tar.gz wget https://cran.r-project.org/src/contrib/httpuv_1.3.3.tar.gz wget https://cran.r-project.org/src/contrib/mime_0.4.tar.gz wget https://cran.r-project.org/src/contrib/jsonlite_0.9.19.tar.gz wget https://cran.r-project.org/src/contrib/digest_0.6.9.tar.gz wget https://cran.r-project.org/src/contrib/htmltools_0.3.5.tar.gz wget https://cran.r-project.org/src/contrib/R6_2.1.2.tar.gz wget https://cran.r-project.org/src/contrib/shiny_0.13.2.tar.gz

然后按照与R CMD INSTALL相同的顺序通过它们。 例如：

R CMD INSTALL Rcpp_0.12.4.tar.gz

一旦所有的依赖关系在那里，R CMD INSTALL应该让你安装闪亮。

要在Debian上安装一些软件包，可以使用apt-offline ：

apt-offline可以在不连接网络的情况下完全更新和升级基于APT的分发，所有这些都对APT透明。

apt-offline可以用来在一台机器上生成一个签名（没有网络）。 此签名包含APT数据库系统所需的所有下载信息。 这个签名文件可以在连接到互联网的另一台机器上使用（不需要是Debian盒，甚至可以运行Windows）来下载更新。 下载的数据将包含APT可以理解的格式的所有更新，并且该数据可以由apt-offline用于更新非联网机器。

在脱机操作系统（Debian）上安装apt-offline ，然后键入以下命令（导入缺少的密钥）：

sudo apt-key exportall | sudo gpg --no-default-keyring --import --keyring /etc/apt/trusted.gpg

那么你需要得到your_package_name的签名：

apt-offline set debian-install.sig --install-packages your_package_name

下一步，上传debian-install.sig到在线系统并下载需要的文件。

apt-offline get debian-install.sig --bundle debian-install.zip

上传debian-install.zip文件到离线系统，使用apt-offline实用程序安装它来更新APT数据库。

sudo apt-offline install debian-install.zip

安装指定的软件包your_package_name ：

sudo apt-get install your_package_name

你可以使用Windows机器tuto下载你的软件包

你在泡菜。 R包机制期望您连接到获取依赖关系。 这就是说，你可以得到一些帮助：

R> AP <- available.packages(contrib.url(options("repos")$repos[1])) R> revs <- tools::package_dependencies("shiny",AP,recursive=TRUE)[[1]] R> revs [1] "methods" "utils" "httpuv" "mime" [5] "jsonlite" "xtable" "digest" "htmltools" [9] "R6" "Rcpp" "tools" "stats" R>

您现在可以再次查看AP并将其输入到download.packages() 。

另外，其中的几个（所有？）都在一个较新的 Debian发行版中，因此您可以在下载模式下使用apt-get （也许使用apt-offline如其他问题所建议的那样）。

最后，我们提供了一个闪亮的Docker容器，所以如果你在虚拟机上使用它，你不需要任何东西。