在单个bsub命令中应用Bourne shell背景＆符号

我想将Bourne shell背景＆符号作为ONE bsub执行命令的一部分。

请注意，我不想使用.bash文件，而是使用一个bsub命令行来执行整个过程。

请注意，我也不想将我的bsub内容分成几个相互等待的bsub命令，而是将一些内部的unix命令封装到一个单独的bsub命令行中，这些内部的unix命令使用Bourne shell后台＆符号。

下面的尝试只产生了第一个内部命令（liftOver命令）的输出，但是没有sorting，也没有执行mv。

避免在Linux上从可执行文件中导出符号

未修饰的Microsoft符号：SomeClass ::`vftable'{for`Foo :: Bar'}

Linuxfunctionredirect

符号如何在x86debugging中用FPO来解决堆栈问题？

如何将函数地址转换为符号

bsub -q medium -J $i "liftOver $i mm10ToMm9.over.chain.gz ${i/.bed/.mm9.bed} ${i/.bed/.unlifted_to_mm9.bed} & sort -k1,1 -k2,2n ${i/.bed/.mm9.bed} > ${i/.bed/.mm9.bed}.srt & mv ${i/.bed/.mm9.bed}.srt ${i/.bed/.mm9.bed}"

在bsub之外，这个过程可以写成如下：

liftOver $i mm10ToMm9.over.chain.gz ${i/.bed/.mm9.bed} ${i/.bed/.unlifted_to_mm9.bed} & sort -k1,2n ${i/.bed/.mm9.bed} > ${i/.bed/.mm9.bed}.srt & mv ${i/.bed/.mm9.bed}.srt ${i/.bed/.mm9.bed}

什么是__ksymtab？ 在linux内核中

如何从包含子目录的给定pathrecursion加载所有符号文件？

将符号限制为适用于linux可执行文件的本地范围

你能解释什么是符号和debugging在C ++世界的符号？

如何限制访问共享对象中的符号？

我不知道bsub但我可以给你一个我用batch ， ssh和其他一些不同的shell ：

bsub -q medium -J $i <<<"liftOver $i mm10ToMm9.over.chain.gz ${i/.be/.mm9.bed} ${i/.bed/.unlifted_to_mm9.bed} && sort -k1,2n ${i/.bed/.mm9.bed} > ${i/.bed/.mm9.bed}.srt && mv ${i/.bed/.mm9.bed}.srt ${i/.bed/.mm9.bed}"

也许你必须改变双引号（ " ）为引号（ ' ）如果$i必须由bsub开发（再次，我不知道这个产品）

要么

bsub -q medium -J $i <<-eocmd liftOver $i mm10ToMm9.over.chain.gz ${i/.be/.mm9.bed} ${i/.bed/.unlifted_to_mm9.bed} && sort -k1,2n ${i/.bed/.mm9.bed} > ${i/.bed/.mm9.bed}.srt && mv ${i/.bed/.mm9.bed}.srt ${i/.bed/.mm9.bed} eocmd

（警告：只有一个制表eocmd $'t'可以放在单词eocmd ）

再一次，如果$i必须由bsub开发，你可能必须逃避$符号。

为了解决未设置的$TERM环境 ，我使用了一段时间：

bsub -q medium -J $i /bin/bash <<-eocmd ... eocmd

希望这可以做到这一点。