使用os.system或subprocess通过Python运行Rscript

我遇到了使用os.system（）或subprocess（）通过Python运行Rscript的问题。

使用os.system（）通过python运行命令通常对我来说很好（例如使用gdalwarp.exe），而不是使用Rscript.exe。

我能看到的唯一区别是path中的空格。

避免path中的空间问题很容易通过将path放在引号中在CMD窗口中克服。 执行以下命令是成功的。

命令从Shell脚本工作，但不是从命令行？

在batch file中运行命令行

是否有可能连接两个以上的标准stream到Linuxterminal？

带有空格的Apache CLI选项值

如何压缩一个符号链接？

"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"

但我坚持与Python。 我到目前为止用python试过的东西：

os.system("C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R") os.system(r"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R") os.system(r'"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"') subprocess.call([r'C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe',r'D:/.../otsu_Script.R'])

有人看到我做错了吗？ 在此先感谢，艾克

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在这样一个简单的问题上得到精神后。 我决定重新安装RStatistics到一个没有空格或点的路径，如： C:/R/bin/Rscript.exe 。

现在subprocess.call(["C:/R/bin/Rscript.exe","D:/otsu_Script.R"] )或os.system("C:/R/bin/Rscript.exe D:/otsu_Script.R")工作得很好。 两天前应该尝试过…

…但是现在我是一只快乐的猴子:-)

现在可能已经太迟了，我已经看到你解决了这个问题，但是我遇到了一个类似的问题（尽管在Linux系统中），现在可能会帮助别人。 这个命令在python中调用时不起作用，尽管它直接在终端/命令行上工作。

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R")

我尝试了很多解决方案，包括subprocess和其他方面，但发现它比这更容易。 在我的情况下，我知道它可能在Windows中是不同的，我只需要在调用结束后添加一个& ，在后台运行。 不知何故，R似乎会关闭Python脚本，而不是做它的工作。

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R &")

奇怪的是，它也工作，如果在我的文件夹中，我将有一个.txt扩展名复制相同的文件： read_lengths_batch.R和read_lengths_batch.txt 。

希望它可以帮助别人！