如何使gnu并行分割多个input文件

我有一个脚本，它需要三个参数，并像这样运行：

myscript.sh input1.fa input2.fa out.txt

该脚本从input1.fa和input2.fa分别读取一行，做一些比较，并将结果写入out.txt 。 两个input需要具有相同的行数，脚本完成后， out.txt也将具有相同的行数。

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我不在乎输出与input有不同的顺序，但我需要将input1.fa的第i行与input1.fa的第i行进行input2.fa 。 另外，如果我得到多个输出文件（如output{#} ）而不是一个 – 我只是将它们放在一起。

我发现这个话题，但答案不是我想要的。 我知道我可以split两个input文件并使用xargs并行处理它们，但是如果可能的话，希望在一行中执行此操作。

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如果您可以更改myscript.sh，那么它将从管道中读取数据并写入管道中，您可以执行以下操作：

paste input1.fa input2.fa | parallel --pipe myscript.sh > out.txt

因此，在myscript中，您将需要从STDIN中读取并在TAB上分割以获取来自input1和input2的输入。