linux – 在Bash中循环浏览文件的内容

如何使用Bash遍历文本文件的每一行？

使用此脚本：

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出：

Start!
./runPep.sh: line 3: Syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(后来我想用$p做一些更复杂的事情,而不仅仅是输出到屏幕上.)

环境变量SHELL是(来自env)：

SHELL=/bin/bash

/ bin / bash –version输出：

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat / proc / version输出：

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

文件peptides.txt包含：

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

解决方法:

一种方法是：

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中所指出的,这会产生修剪前导空格,解释反斜杠序列以及如果缺少终止换行而跳过尾随行的副作用.如果这些是问题,你可以这样做：

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

例外情况下,如果是loop body may read from standard input,则可以使用不同的文件描述符打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里,10只是一个任意数字(不同于0,1,2).