在SO用户的多个建议之后,我终于尝试将我的代码转换为使用data.table.
library(data.table)
DT <- data.table(plate = paste0("plate",rep(1:2,each=5)),id = rep(c("CTRL","CTRL","ID1","ID2","ID3"),2),val = 1:10)
> DT
plate id val
1: plate1 CTRL 1
2: plate1 CTRL 2
3: plate1 ID1 3
4: plate1 ID2 4
5: plate1 ID3 5
6: plate2 CTRL 6
7: plate2 CTRL 7
8: plate2 ID1 8
9: plate2 ID2 9
10: plate2 ID3 10
我想做的是当id为“CTRL”时,按平均值DT [,val]取平均值.
我通常会聚合数据框,然后使用匹配将值映射回新列’ctrl’.
使用data.table包我可以得到：
DT[id=="CTRL",ctrl:=mean(val),by=plate]
> DT
plate id val ctrl
1: plate1 CTRL 1 1.5
2: plate1 CTRL 2 1.5
3: plate1 ID1 3 NA
4: plate1 ID2 4 NA
5: plate1 ID3 5 NA
6: plate2 CTRL 6 6.5
7: plate2 CTRL 7 6.5
8: plate2 ID1 8 NA
9: plate2 ID2 9 NA
10: plate2 ID3 10 NA
我真正需要的是：
DT <- data.table(plate = paste0("plate",val = 1:10,ctrl = rep(c(1.5,6.5),each=5))
> DT
plate id val ctrl
1: plate1 CTRL 1 1.5
2: plate1 CTRL 2 1.5
3: plate1 ID1 3 1.5
4: plate1 ID2 4 1.5
5: plate1 ID3 5 1.5
6: plate2 CTRL 6 6.5
7: plate2 CTRL 7 6.5
8: plate2 ID1 8 6.5
9: plate2 ID2 9 6.5
10: plate2 ID3 10 6.5
最后我想使用更复杂的值选择,但我不知道如何选择特定值,运行一些函数,然后使用数据框将这些值映射回适当的行.
解决方法
这是你想要做的：
DT[,ctrl:=mean(val[id=="CTRL"]),by=plate]
这使
plate id val ctrl 1: plate1 CTRL 1 1.5 2: plate1 CTRL 2 1.5 3: plate1 ID1 3 1.5 4: plate1 ID2 4 1.5 5: plate1 ID3 5 1.5 6: plate2 CTRL 6 6.5 7: plate2 CTRL 7 6.5 8: plate2 ID1 8 6.5 9: plate2 ID2 9 6.5 10: plate2 ID3 10 6.5
您的原始代码DT [id ==“CTRL”,ctrl：= mean(val),by = plate]没有为id ==“CTRL”的行进行赋值,因为当您使用第一个参数时[,你是子集;第二个参数中的操作仅针对子集化data.table进行.
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