Python怎么处理vcf文件？Python如何读取vcf文件数据

vcf是一种非常特殊的文件类型，它的实际名称为突变识别文件，只有在基因组工作之中才会去生成该类型的文件。那么在python程序内也是可以对这种类型的文件进行读取等处理操作，下文所要来介绍的内容就是，python处理vcf文件并且读取其内容的方法。

1.python标准库以及内置模块之中是没有该类型文件处理方法可以使用，所以需要选择安装PyVCF这个第三方模块才可以，打开命令行或者终端窗口后执行如下命令即可：

pip install PyVCF

2.那么读取vcf文件则是用这个模块之中Reader()方法，此方法里面需要传入文件路径这一个参数就可以了，而返回的对象不是平常打开文件时的文件对象。而是一个可迭代对象，因为该方法会构建出一个有明确合理结构的可迭代对象，代码如下所示：

import vcf
vcf_reader = vcf.Reader(filename=r'D:\test\example.hc.vcf.gz')
for record in vcf_reader:
  print(record.CHROM)

那么就可以使用for循环迭代遍历该对象将其中的数据都取出来进行查看，而可以去输出的属性有很多。分别为染色体名称CHROM、位点在染色体的位置POS、突变的rs号ID、参考基因组在该位点上的碱基REF、在该位点的测序结果ALT、位点的测序质量QUAL、过滤信息FILTER、位点的一些测试指标INFO、基因型信息FORMAT。那么这些数据和信息只需要使用prin函数再加上遍历对象点属性名即可将其打印输出。

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